在红蓝宝石版中火岩队和水舰队会根据玩家选择的版本出现一个。在绿宝石版中，火岩队和水舰队将会同时登场。主角将要他们的。
脖子上悬挂着神奇宝贝领航员，戴着墨镜的神秘男人。在绿宝石版中首次登场的他名为“金雀儿”。冒险中，主角在各种各样的地方同他邂逅。是对战开拓区的老板，只允许自己认可的训练家进入设施。
游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。
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